Stiftsstyrelsen handlägger också ärenden om kyrkliga val, den kyrkliga indelningen i stiftet samt strukturbidrag, kyrkobyggnadsbidrag och kyrkoantikvarisk ersättning.
Stiftsstyrelsen består av 13 valda ledamöter med 13 valda ersättare utöver domprosten som utses av stiftsfullmäktige. Biskopen i Uppsala stift är ordförande i stiftsstyrelsen. Innevarande mandatperiod omfattar 2026-2029.